Micafungin được chỉ định để điều trị bệnh nấm máu, nhiễm nấm candida lan tỏa cấp tính, viêm phúc mạc do nấm Candida, áp xe và nhiễm nấm candida thực quản. Kể từ ngày 23 tháng 1 năm 2008, micafungin đã được phê chuẩn để điều trị dự phòng nhiễm trùng Candida ở những bệnh nhân được ghép tế bào gốc tạo máu (HSCT).

Micafungin hoạt động bằng cách ức chế 1,3-beta-D-glucan synthase phụ thuộc vào nồng độ dẫn đến giảm sự hình thành 1,3-beta-D-glucan, một loại polysacarit thiết yếu bao gồm một phần ba phần lớn Candida spp. vách tế bào. Điều này làm giảm sản xuất glucan dẫn đến mất ổn định thẩm thấu và do đó ly giải tế bào.[1][2]